Die Benediktinerabtei St. Stephan, eine in der benediktinischen Familie verhältnismäßig junge Gründung (1835), führt in ihrer heutigen Gestalt mehrere Traditionen fort, die durch die Säkularisation unterbrochen waren:

Klösterliches Leben gibt es bereits seit Bischof Ulrich: Er gründete 969 an der Stelle des heutigen Klosters am Rande der Altstadt ein Kanonissenstift für adelige Damen, das er unter das Patronat des ersten Märtyrers, des hl. Stephanus, stellte; bis zur Säkularisation 1803 führten die Kanonissen in St. Stephan ein geistliches Gemeinschaftsleben.

In der Reichsabtei St. Ulrich und Afra, von deren Blüte die Ulrichsbasilika noch heute Zeugnis gibt, lebten und wirkten fast acht Jahrhunderte lang (1012 - 1803) Benediktinermönche in Augsburg. Die Säkularisation setzte auch diesem Kloster ein jähes Ende.

Erst 1835 konnten unter König Ludwig I. von Bayern die Benediktiner wieder in Augsburg Einzug halten. Dieser Neuanfang benediktinischen Lebens war mühsam: Der Gründungskonvent von St. Stephan setzte sich aus Mönchen zusammen, die der erste Abt Barnabas Huber auf persönliches Betreiben König Ludwigs u.a. aus mehreren österreichischen und schweizerischen Klöstern erbetteln konnte. Ihnen wurde als Hauptaufgabe die Leitung des Gymnasiums übergeben, das 1828 auf Drängen des katholischen Teils der Augsburger Bürgerschaft errichtet worden war und die lange Tradition des Gymnasiums und Jesuitenkollegs St. Salvator (1581 - 1807) wieder aufnahm. Der noch erhaltene Festsaal des Jesuitenkollegs, der Kleine Goldene Saal in der Jesuitengasse, dient dem Gymnasium bei St. Stephan bis heute als Aula für festliche Gelegenheiten und Schülerkonzerte.